Geographie wird am Gymnasium Weilheim in den Jahrgangsstufen 5, 7, 10, 11 und 12 unterrichtet. Außerdem besteht die Möglichkeit, bilingualen Geographieunterricht (in deutscher und englischer Sprache) ab der 6. Klasse zu belegen.
Besondere Bedeutung kommt am Gymnasium Weilheim der originalen Begegnung zu, sei es in Form von Experimenten, Unterrichtsgängen oder Exkursionen. Die Fachschaft Geographie ist diesbezüglich auch fächerübergreifend gut mit anderen natur- sowie sozial- und gesellschaftswissenschaftlichen Fächern vernetzt. So wird der NWA-Unterricht (Naturwissenschaftliches Arbeiten) in der 5. Klasse auch von Geographie-Lehrkräften gestaltet.
Der experimentelle Charakter dieses Unterrichts fließt rückwirkend auch wieder in den Geographie-Unterricht mit ein. Ein besonderer Fokus liegt im Geographie-Unterricht auch auf der Pflege von Grundwissen, das die Schüler Jahrgangsstufe für Jahrgangsstufe aufbauen, und typischen geographischen Arbeitstechniken wie der sicheren Verwendung des Atlasses.